Twee dekades van uitnemendheid in genomika: Belig gesondheid, bevorder innovasie, en kweek transdissiplinêre navorsing in Afrika

Nuwegenerasie-volgordebepaling (oftewel NGS) bied navorsers ’n doeltreffender, akkurater en goedkoper manier om genetiese veranderinge na te spoor. Boonop help genoomwaarneming met die voortgesette evaluering van diagnostiese akkuraatheid, wat doeltreffender behandelings tot gevolg kan hê. Genomika het die potensiaal om ’n algehele omwenteling in gesondheidsorg in Afrika teweeg te bring en word toenemend gebruik om siektes en epidemies, veral dié in Afrika, te verstaan. Hierdie intreerede bied ’n oorsig van prof Tulio de Oliveira se werk die afgelope twee dekades om genomika te gebruik om op epidemies soos MIV-1, tuberkulose (TB), SARS-CoV-2 en arbovirusse soos chikungunya, dengue, Zika en geelkoors te reageer.

Een merkwaardige bydrae was die gebruik van genomika om ’n geval van MIV-1- en hepatitis C-oordrag in ’n Libiese hospitaal op te los, waar vyf dokters tronkstraf opgelê is omdat hulle die pasiënte geïnfekteer het. Gedurende sy tyd by Oxford-universiteit was prof De Oliveira die leier van ’n span wat nie net die dokters se onskuld onomwonde bewys het nie, maar ook hulle vrylating bewerkstellig het. ’n Verdere belangrike bydrae was die gebruik van filogenetika om afdoende bewys te lewer van die “kringloop van MIV-oordrag”, wat aan die lig gebring het dat jong Suid-Afrikaanse vroue dikwels geïnfekteer word deur mans wat sowat tien jaar ouer is as hulle. Hierdie bevinding het MIV-voorkomingsbeleide in Suid-Afrika en die res van die wêreld aansienlik beïnvloed. Kort voor lank het UNAIDS dit as grondslag aanvaar vir hulle verslag van 2016 oor die lewensiklusbenadering tot MIV, wat etlike Afrikalande daarna vir beleidvorming gebruik het. Daarbenewens word genomika gebruik om middelweerstandigheid by MIV-1 en TB op te spoor en doeltreffende, individuele behandelingsplanne te ontwerp, wat behandelingsuitkomste verbeter.

Genoomwaarneming het gedurende die Covid-19-pandemie ’n belangrike rol vervul om die wetenskaplike reaksie op SARS-CoV-2 te rig. Prof De Oliveira het vroeg in die pandemie reeds besef dat genoomwaarneming bepalend kan wees om op die virus te reageer en het NGS-SA, ’n hoogs doeltreffende konsortium vir genoomwaarneming in Suid-Afrika, op die been gebring. Die konsortium het tred gehou met genetiese veranderinge wat patogenisiteit, diagnostiek sowel as behandelings en entstowwe beïnvloed, en het uiteindelik twee van die vyf vernaamste SARS-CoV-2-variante in Suid-Afrika geïdentifiseer. Die sukses van die NGS-SA het gelê in die konsortium se vermoë om byna-intydse genoomwaarnemingsdata met ander epidemiologiese data te kombineer en dit in ’n kits te ontleed om bruikbare inligting aan openbaregesondheidsamptenare en -beleidvormers te voorsien. Suid-Afrika se werk is deur die Wêreldgesondheidsorganisasie (WGO) en die Afrikasentrum vir Siektebeheer en -voorkoming (Africa CDC) erken, en prof De Oliveira se navorsingsinstitute op Stellenbosch en in Durban is as gespesialiseerde genomikafasiliteite aangewys om die uitbreiding van genoomwaarneming in Afrika te ondersteun.

NGS-tegnieke word nou ingespan om voort te bou op die momentum wat gedurende die Covid-19-krisis opgebou is om ander voortslepende gesondheidsuitdagings in Suid-Afrika en elders die hoof te bied. In die besonder word ’n transdissiplinêre benadering van genoomwaarneming tesame met ekologiese kartering gevolg om moontlike pandemies te voorkom, veral dié wat deur klimaatsverandering vererger word.

Kyk die intreerede hier

Kort biografie

Tulio de Oliveira is die direkteur van die Sentrum vir Epidemiereaksie en -innovasie (CERI) aan die Universiteit Stellenbosch (US) en die KwaZulu-Natalse platform vir innovasie en volgordebepaling (KRISP) aan die Universiteit van KwaZulu-Natal (UKZN). Met sy visionêre gebruik van genomika en bio-informatika was hy ’n toonaangewende rolspeler in die reaksie op Covid-19 in Suid-Afrika. Prof De Oliveira is ’n professor in Bio-informatika by die US se Skool vir Datawetenskap en Rekenaardenke en die UKZN se Skool vir Gesondheidswetenskappe.

Hy het sy BSc aan die Federale Universiteit van Rio Grande do Sul in Brasilië verwerf, en sy MSc/PhD aan die Nelson R Mandela-geneeskundefakulteit van die UKZN. Hy was van 2004 tot 2006 ’n Marie Curie-navorsingsgenoot aan die Universiteit van Oxford, Verenigde Koninkryk, en van 2015 tot 2019 ’n Newton- gevorderde genoot by die Wellcome Trust Sanger-instituut (WTSI) en die Universiteit van Edinburgh, Skotland. Hy word in 2015 professor aan die UKZN en sluit hom in 2018 as medeprofessor in Globale Gesondheid by die Universiteit van Washington in die Verenigde State aan. In 2021 aanvaar hy die amp van professor by die US.

Prof De Oliveira bestudeer al vir meer as 20 jaar virusuitbrekings, waaronder MIV, hepatitis B en C, chikungunya, dengue, SARS-CoV-2, Zika en geelkoors. Hy het meer as 300 publikasies die lig laat sien, waarvan baie in invloedryke wetenskaplike vaktydskrifte verskyn het.

Hy was deel van Nature se lys van tien toonaangewende wetenskaplikes. Boonop het hy erkenning ontvang van die MIT Technology Review vir sy leierskap as baanbreker agter een van die tien deurbraaktegnologieë van 2022. Hy ontvang daardie selfde jaar die Suid-Afrikaanse Mediese Navorsingsraad (SAMNR) se goue medalje vir sy voortreflike bydraes tot die geneeskunde. Daarbenewens het die Suid-Afrikaanse regering prof De Oliveira met die Batho Pele-toekenning vereer vir sy merkwaardige sosiale impak, terwyl die president van Portugal ’n Orde van Verdienstelikheid aan hom toegeken het. Hy was in 2022 ook mede-ontvanger van die Duits-Afrika-prys vir sy wetenskaplike bydraes gedurende die Covid-19-pandemie.

RSVP HIER